Linh miêu đuôi cộc trưởng thành không có nhiều động vật săn mồi ngoại trừ con người, mặc dù chúng có thể chết khi xung đột khác loài. Báo sư tử và sói xám sẽ giết linh miêu trưởng thành, hành vi quan sát lập lại nhiều lần tại công viên quốc gia Yellowstone.[52] Sói đồng cỏ đã từng giết linh miêu trưởng thành và con non.[53][54][55] Có ít nhất một quan sát chứng thực một con linh miêu đuôi cộc và một con gấu đen Bắc Mỹ (Ursus americanus) đấu nhau giành xác con mồi.[56] Hài cốt linh miêu đuôi cộc thỉnh thoảng phát hiện tại vị trí chết của chồn cá đực.[57]

Linh miêu non có thể bị một số loài săn mồi ăn thịt, bao gồm những loài cú, đại bàng, cáo, cũng như những con linh miêu đực trưởng thành khác; khi quần thể con mồi không dồi dào, linh miêu con ít có khả năng sống đến tuổi trưởng thành. Từng có báo cáo quan sát được đại bàng vàng (Aquila chrysaetos) săn thịt linh miêu đuôi cộc trưởng thành.[58]

Bệnh tật, tai nạn, thợ săn, ô tô, chết đói là những nguyên nhân hàng đầu khác dẫn đến cái chết. Linh miêu chưa trưởng thành cho biết tỷ lệ tử vong cao ngay sau khi rời khỏi linh miêu mẹ, trong lúc chúng vẫn đang hoàn thiện kỹ năng săn mồi. Một nghiên cứu 15 con linh miêu đuôi cộc cho biết tỷ lệ sống hàng năm ở cả hai giới trung bình đạt 0,62, phù hợp tỷ lệ đề xuất nghiên cứu khác từ 0,56 đến 0,67.[59]Ăn thịt đồng loại từng được báo cáo; linh miêu con có thể bị ăn thịt khi mức độ con mồi thấp, nhưng hiện tượng này rất hiếm và không ảnh hưởng nhiều đến quần thể.[36]

Linh miêu đuôi cộc có thể bị ký sinh ngoài, chủ yếu bọ ve và bọ chét, sẽ thường mang theo ký sinh trùng từ con mồi, đặc biệt số ký sinh trên thỏ và sóc. Ký sinh trong đặc biệt phổ biến trong linh miêu đuôi cộc.[60] Một nghiên cứu phát hiện tỷ lệ lây nhiễm trung bình đạt 52% từ loài Toxoplasma gondii, nhưng với thay đổi lớn theo vùng miền.[61] Một loài ve bét ngoại lệ, Lynxacarus morlani, đến bây giờ vẫn chỉ phát hiện trên linh miêu đuôi cộc. Vai trò của ký sinh trùng và bệnh tật đối với tỷ lệ tử vong của linh miêu đuôi cộc vẫn còn chưa rõ ràng, nhưng yếu tố đó có thể chiếm tỷ lệ tử vong cao hơn so với chết đói, tai nạn và động vật săn mồi.[36]